El programa de armas nucleares del régimen permaneció en secreto hasta el 2002 cuando el Consejo Nacional de la Resistencia Iraní realizó una conferencia de prensa que revelaba la existencia de instalaciones de enriquecimiento de uranio en Natanz y una planta de Agua Pesada en Arak.
Estas revelaciones, basadas en informaciones provistas por las redes comunitarias de la Organización de los Mojahedines del Pueblo de Irán, produjeron una investigación por la Agencia Internacional de Energía Atómica (IAEA por sus siglas en inglés) que eventualmente llevaron el expediente nuclear del régimen iraní ante el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas para sanciones punitivas.
Las revelaciones más tempranas del CNRI respecto a los proyectos nucleares del régimen datan de 1991, pero estas cayeron en oídos sordos en occidente. Desde el 2002, el CNRI ha realizado docenas de conferencias de prensa en capitales occidentales en donde ha revelado varios lugares nucleares secretos y otras informaciones respecto a personal clave involucrado en las aspiraciones nucleares del régimen.
En el 2003, el CNRI expuso un proyecto de enriquecimiento ocurriendo en las instalaciones de Lashgar-Abad cerca de Karaj. Después de una inspección por parte del IAEA en el 2004, se descubrió que se habían realizado trabajos con el objetivo de desarrollar enriquecimiento por láser.
En el 2004, el CNRI reveló la existencia de instalaciones nucleares en Lavizan (Lavizan II) y actividades relacionadas al enriquecimiento en Parchin. En el 2008, el CNRI expuso un centro de mando y desarrollo de armas nucleares en las instalaciones de Mojdeh, y sus diferentes componentes, incluyendo enriquecimiento por láser. En el 2010, el CNRI también reveló detalles de un centro de enriquecimiento en Abyek.
En el 2012, el CNRI expuso también detalles secretos del papel de los Guardianes de la Revolución en los proyectos de armas nucleares del régimen.
La plataforma política propia del CNRI rechaza las armas nucleares o la tecnología que busca desarrollar Irán, y el plan de diez puntos por el futuro Irán de la Sra. Rajavi declara claramente: “Queremos que el Irán libre del mañana no tenga armas nucleares ni armas de destrucción masiva”.